CellForgeR:巴西工具无需编程即可逐个细胞分析基因

巴西坎皮纳斯州立大学(Unicamp)联合圣保罗州立大学(Unesp)和圣保罗大学(USP)的研究人员开发了 CellForgeR,这是一款免费在线工具,可在无需编程知识的情况下分析单个细胞的基因表达数据。

研究人员无需经过多个编程步骤或依赖高性能计算机,只需在浏览器中打开平台,上传自己的数据或使用网上公开数据,再通过菜单和按钮选择参数、细胞类型和基因。

什么是单细胞测序

该工具背后的技术是单细胞 RNA 测序(single-cell RNA-seq)。传统测序把组织作为整体分析并给出平均值,而这种方法可以识别每个单个细胞中哪些基因处于活跃状态。

据 Unicamp 生物学研究所教授 Marcelo Mori 介绍,这种精细程度改变了人们对某些细胞类型的认识。曾经被简单分为 M1 和 M2 的免疫前线细胞——巨噬细胞,实际上呈现出多种细胞状态。脂肪细胞也是如此,过去主要被描述为白色、棕色或米色。

CellForgeR 如何工作

CellForgeR 无需安装,它运行在 Unicamp 生物学研究所的科学集群上,处理过程在大学的数据中心完成。开发者这样概括其易用性:会使用电子表格的人,现在无需编写一行代码也能分析单细胞数据。

研究人员举了一个癌症研究的例子:可以选择肿瘤中的巨噬细胞,研究某个特定基因的表达,并与其他细胞类型比较。据团队介绍,过去需要多个编程步骤才能回答的问题,现在几分钟内即可得到答案。

Unesp 研究人员、平台创建者之一 Diogo de Moraes 指出,美国的大学鼓励开发简化这类分析的软件,而实验室往往依赖昂贵的内部工具或专业程序。CellForgeR 的目标是同时降低技术门槛和经济门槛。

工具之外

该项目也是更广泛培训战略的一部分:既培养研究人员的实验台技术,也培养他们处理单细胞测序数据的能力。参与实验室计划为希望深入该领域的不同学科科学家提供培训。

该工具最初于 2026 年 10 月 22 日被报道,并于 2026 年 11 月 2 日再次传播。需要区分的是:CellForgeR 旨在扩大分析能力并鼓励公开数据的再利用,它本身并不是一项生物医学发现。

图片来源:关于单细胞 RNA 测序的示意图,ecSeq。此图仅为示意,并非 CellForgeR 的截图。

来源

透明度说明:本文在人工智能辅助下制作,基于公开报道和下列网络来源的交叉核对。建议读者查阅原始来源以核实细节。

作者:Muse